在Ubuntu系统中Lammps并行版及GPU加速版的安装

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1-并行版的安装

1.1- 下载稳定版（stable）上传至服务器：LAMMPS Source Download Repository

1.2- 安装依赖包：

检查依赖包：which gcc 或（g++ ，mpirun ，mpicc ，mpiexec）

1.3- 安装lammps：

直接 apt install lammps（不好用）

或应：

解压：tar -xvf lammps-stable.tar.gz

进入文件夹：cd lammps-29Sep2021/src/MAKE/MACHINES

复制出Makefile.ubuntu：cp Makefile.ubuntu ../

cd .. 回到MAKE文件夹

将Makefile.ubuntu文件中如图部分删掉：

cd .. 回到src文件夹，获取管理员权限：sudo su，输入管理密码

并执行make package-status查看功能包状态，并选择安装

执行命令：make ubuntu –j6

将lmp_ubuntu改名并复制到user-bin：

设置环境变量：sudo vim /etc/profile

I键进入编辑模式，在文件最后新起一行加入：export PATH=/usr/local/bin:$PATH

esc键退出编辑模式，shift+zz退回主界面

然后执行：source /etc/profile完成。

2-GPU加速版的安装

2.1- 安装显卡驱动：

第一种：

点击屏幕上附加驱动，选择驱动版本安装，完成后重启，通过指令 nvidia-smi 查看是否成功

第二种

sudo su #然后输入密码

ubuntu-drivers devices #查询推荐的驱动

apt-get install nvidia-driver-470 #安装推荐的驱动

若报错： “nvidia-driver-470 : 依赖: nvidia-dkms-470 (= 470.26-0ubuntu0~gpu18.04.2) 但是它将不会被安装。” 则先安装依赖包：

sudo apt install dkms

安装后重启系统

并禁用nouveau driver：

sudo vim /etc/modprobe.d/blacklist.conf

在最后添加：

保存退出

然后

sudo update-initramfs -u

sudo reboot

验证：

lsmod | grep nouveau #无输出说明成功

2.2- 安装cuda：

首先通过nvidia-smi查看显卡驱动和对应支持的cuda版本，按官网指令安装

若最后一步出现报错：”dpkg: 处理软件包 xxx (--configure)时出错解决方法“，则依次输入如下指令：

sudo su mv /var/lib/dpkg/info /var/lib/dpkg/info_bak mkdir /var/lib/dpkg/info apt-get update && apt-get -f install mv /var/lib/dpkg/info/* /var/lib/dpkg/info_bak/ rm -rf /var/lib/dpkg/info mv /var/lib/dpkg/info_bak /var/lib/dpkg/info

后重新执行上图最后一步

完成后为cuda添加环境变量：

先

vim .bashrc

再添加：

输入nvcc -V 则可检测是否安装成功

若失败先后输入：

'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-11.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH'>>~/.bashrc

'export PATH=/usr/local/cuda-11.3/bin/:$PATH'>>~/.bashrc

然后：

sudo vim /etc/profile

在最后加入：

2.3- Generic Linux Makefile for CUDA文件配置：

进入gpu目录，修改Makefile.linux：

cd lammps-3Mar20/lib/gpu

vim Makefile.linux

修改以下信息，符合自己的机子和计算要求即可：

hardware参数可以见维基的介绍CUDA - Wikipedia，例如gtx 1660ti对应的Micro-architecture和Compute capability (version)分别为Turing，7.5，所以应该选择sm_75

之后进行make：

make -f Makefile.linux

如果之后更改Makefile.linux 中的内容之后需要重新编译需要先 make clean 一下：

make -f Makefile.linux clean

安装gpu包并重新编译可执行文件：

cd lammps-3Mar20/src

此处跳转到并行版lammps安装步骤

make package-status #查阅自己的package安装信息并安装需要的包

然后添加gpu包并重新编译：

make yes-gpu #添加gpu包

make ubuntu –j6 #编译mpi

如果编译过文件，则可以先clean一波：make clean-all，再make，如果还是有问题，可以考虑万能的sudo